นีโอที่ได้ปลดปล่อยตัวเองและกลายเป็นเดอะวัน นีโอต้องทำภารกิจต่าง ๆ เพื่อยุติสงครามตามคำทำนายของเทพยากรณ์ ข่าวสารจากยานโอไซริสระบุว่าเครื่องจักรบนโลกกำลังทำการขุดเจาะลงใต้พื้นดิน เพื่อทำลายไซออน เมืองด่านสุดท้ายของมนุษยชาติ นีโอจึงต้องรีบต่อสู้เพื่อปกป้องโลกและมนุษยชาติไม่ให้ได้รับความเสียหายจากการทำลายของเครื่องจักรนั้น