นีโอ เป็นหนุ่มธรรมดาที่ใช้ชีวิตง่าย ๆ ไปโดยไม่คาดหวังอะไรมากมาย แต่ชีวิตของเขาเปลี่ยนแปลงเมื่อเขาพบกับบุรุษลึกลับที่เปิดเผยว่าเขาเป็นคนเดียวที่สามารถปกป้องโลกจากสงครามจักรกล โดยมีมนุษย์ที่ควบคุมมนุษย์อื่น ๆ ผ่านสมองที่ย้อนกลับมาทำลายมนุษย์ต่าง ๆ ซึ่งเป็นผลผลิตจากมันสมองมนุษย์ นีโอได้รับการฝึกฝนจากบุรุษลึกนี้เพื่อเป็นนักรบไซเบอร์ และได้รับข้อมูลทางวิทยาศาสตร์และศิลปะการต่อสู้เพื่อที่จะต่อสู้กับ “เดอะ เมทริกซ์” ศูนย์รวมพลังงานแห่งโลกใหม่ โลกทั้งโลกจึงต้องพึ่งพานีโอเป็นผู้เดียวในการปกป้องตัวเองและโลกนี้จากการก้าวสู่สงครามจักรกลในเรื่องราวนี้