ในปีที่ 48 ก่อนคริสตกาล คณะที่ปรึกษาของปโตเลมีที่ 13 นำโดยขันทีโปธินุสได้ยึดอำนาจของคลีโอพัตราและบังคับให้พระนางหนีไปจากอียิปต์ พร้อมกับอาร์สิโนเอ พระขนิษฐาของพระนางที่ติดตามไปด้วย ในเวลาเดียวกัน ปโตเลมีที่ 13 ได้ถูกลิดรอนเมื่อเข้าไปเข้าพ้องกับโรม ณ ขณะที่นายพลปอมเปอุส มักนุสที่กำลังหลบหนีจูเลียส ซีซาร์ มาหาที่หลบซ่อนในเมืองอเล็กซานเดรีย ถูกปโตเลมีที่ 13 ปลิดชีพ แต่ต่อมา เจ้านายจูเลียส ซีซาร์ได้ทำการต่อต้านแผนการของปโตเลมีที่ 13 และได้ยึดเมืองหลวงของอียิปต์ จูเลียส ซีซาร์ได้ตั้งตนเป็นผู้ตัดสินคดีชิงบัลลังก์ระหว่างปโตเลมีที่ 13 และคลีโอพัตรา หลังจากการสู้รบสั้น ๆ ปโตเลมีที่ 13 ถูกสังหาร และ จูเลียส ซีซาร์ได้คืนบัลลังก์ให้แก่คลีโอพัตรา โดยมีปโตเลมีที่ 14 เป็นผู้ครองบัลลังก์ร่วมกับคลีโอพัตรา แสดงถึงการเปลี่ยนแปลงอำนาจและการปกครองในประวัติศาสตร์ของอียิปต์ในยุคนั้น